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每月河流的監測項目:水溫、pH、電導率、溶解氧、高錳酸鹽指數、五日生化需氧量、氨氮、石油類、揮發酚、汞、鉛等11項,部分省界斷面還進行流量監測,以計算污染物通量。湖庫的監測項目在河流監測項目的基礎上,增加總磷、總氮、葉綠素a、透明度、水位等5項,而水中的氮是以硝酸根的形式存在的,因而檢測硝酸根的含量刻不容緩。
實時水質自動監測,可以實現水質的實時連續監測,達到及掌握主要流域重點斷面水體的水質狀況、預警預報重大或流域性水質污染事故、解決跨行政區域的水污染事故糾紛、監督總量控制制度落實情況、排放達標情況等目的。